Criado pelo Ministério do Meio Ambiente, por meio da Portaria nº 351 de 11 de dezembro de 2006, tem o objetivo de integrar e ampliar as várias ações já existentes para a conservação do patrimônio natural e cultural da região e é composto por 23 Unidades de Conservação (UC) públicas localizadas na região, além de diversas Reservas Particulares do Patrimônio Natural (RPPN).  A área do Mosaico Mantiqueira abrange cerca de 729.138 hectares nos estados do Rio de Janeiro, São Paulo e Minas Gerais, sendo que 434.108 hectares correspondem à Área de Proteção Ambiental (APA) da Serra da Mantiqueira.

O Mosaico Mantiqueira integra o Corredor da Biodiversidade da Serra do Mar, onde também estão constituídos o Mosaico Bocaina e o Mosaico Central Fluminense, criados em 2006, além dos mosaicos Carioca e Mico Leão Dourado, mais recentes.